Cresset Flare 11.0.0

Cresset Flare — это программная среда для компьютерного дизайна лекарственных молекул, ориентированная на задачи medicinal chemistry и computational chemistry. Программа объединяет лиганд-ориентированные и структурно-ориентированные подходы в одном графическом рабочем пространстве, чтобы исследователь мог не только визуализировать белки и лиганды в 3D но и последовательно оценивать идеи для оптимизации серий соединений. Flare используется для анализа взаимодействий "белок-лиганд", ранжирования молекул и поддержки решений на этапах hit-to-lead и lead optimization.

В лиганд-ориентированном контуре Flare позволяет сравнивать молекулы по форме, электростатике и активности. В программе есть инструменты для построения предиктивных QSAR-моделей для активности и ADME/ADMET-свойств а также средства для анализа SAR, включая качественные и количественные подходы. Среди компонентов этого направления представлены выравнивание лигандов, R-group analysis, Activity Atlas, Activity Miner, квантово-химические расчеты (QM), Library Enumeration и другие инструменты, помогающие быстрее отбирать кандидаты для синтеза и проверки.

Структурно-ориентированные возможности Flare включают docking и scoring, анализ электростатической комплементарности, молекулярную динамику, анализ карманов связывания, анализ воды методами GIST и 3D-RISM, MM/GBSA, гомологическое моделирование, а также Protein-Protein Docking. Такой набор позволяет исследовать стабильность комплексов, интерпретировать ключевые контакты и находить признаки перспективного связывания даже в сложных системах. Для пользователя это удобно тем что многие этапы объединены в одном интерефейсе и результаты можно сопоставлять визуально и расчетно без постоянного переключения между разными программами.

Важная часть платформы — расчеты FEP (Free Energy Perturbation) для более уверенного выбора молекул в конгенерных рядах. В новых релизах развитие этого блока включает Absolute FEP (ABFE) наряду с Relative FEP, что расширяет сценарии применения на более ранних этапах когда нужно оценивать отдельные молекулы а не только сравнивать близкие аналоги. Также в Flare реализованы Protein-Ligand Interaction Fingerprints (PLIF) для представления и сравнения профилей взаимодействий и более быстрого выделения характерных паттернов связывания.

Современные версии Flare также развивают AI-направление. В частности, MolGenAI предназначен для генерации новых молекулярных структур, может работать с переносом обучения (transfer learning) и интегрируется с оценкой профиля через Radial Plot score для фильтрации сгенерированных молекул по заданным физико-химическим критериям. Дополнительно заявлены функции для более гибкой организации длительных расчетов, включая detached calculations, когда вычислительные задачи могут продолжаться отдельно от активной GUI-сессии.

Для расширения и автоматизации рабочих процессов Flare предоставляет Python API. Это дает возможность создавать собственные расширения, автоматизировать рутинные операции и добавлять специализированные элементы управления под конкретные задачи команды. Также предусмотрена интеграция со Spark внутри Flare для работы с биоизостерными заменами и генерацией идей, что помогает связать этапы идеи и оптимизации в едином процессе.

Подытоживая, Cresset Flare — это комплексная CADD-платформа, которая сочетает визуальный анализ, моделирование, докинг, динамику, FEP, QSAR и инструменты генерации новых молекул. Ее сильная сторона в том что она закрывает широкий спектр задач молекулярного дизайна в одном рабочем окружении и помогает принимать более обоснованные решения по выбору и приоритизации соединений.